Projeté dès 1935 par la Chambre de commerce de Morlaix, l’aérodrome de Morlaix situé sur le territoire de la commune de Ploujean, est inauguré en mai 1939. Il est baptisé "Maréchal Foch" en raison de la proximité avec son ancienne demeure de Tréfeunteuniou (Traon Feunteniou). D’une superficie de 33 ha, l’aérodrome se compose alors d’une piste principale en herbe, d’une aérogare et d’un hangar.
Début juillet 1940, l’aérodrome civil est réquisitionné par l’Allemagne nazie. Agrandi et modernisé, l’aérodrome devient une base aérienne (Fliegerhorst) spécialisée pour les escadrons de chasse (Jagdgeschwader) de la Luftwaffe. Situé dans le nouveau périmètre, le lieu-dit Croas Quérou avec son "Bar des Ailes" est détruit. L’objectif principal de ces formations est l’interception des bombardiers alliés dans la Manche et la surveillance du Golfe de Gascogne. Afin de pouvoir faire atterrir les avions de nuit ou dans de mauvaises conditions météorologiques, la piste principale dispose d’un éclairage et du système de radiobalise Lorenz. Jusqu’à soixante avions, dont le célèbre Messerschmitt Bf109, chasseur monomoteur monoplace, sont accueillis simultanément sur ses pistes.
La base accueille notamment le troisième groupe du Jagdgeschwader 77 "Herz As" (du 24 au 28 mars 1941), le deuxième groupe du Jagdgeschwader 26 "Schlageter" (du 3 avril au 1er juin 1941), le premier groupe du Jagdgeschwader 2 "Richthofen" (du 1er août 1941 à décembre 1941 puis en juin 1942) et Nachtjagdgeschwader 1 (première escadre de chasse nocturne) en 1943.
La base aérienne de Morlaix est bombardée à plusieurs reprises :
- du 17 juillet (dans la nuit) au 14 août 1940 ;
- le 25 novembre 1941, par six bombardiers Bristol Blenheim de la Royal Air Force ;
- le 5 juin 1942 ;
- le 16 mai 1943, par douze avions Lockheed Ventura du 464e Escadron Royal Australian Air Force - RAAF. Suite à ce bombardement, le camouflage de la piste et de la zone d'atterrissage est renforcé.
- le 9 octobre 1943 : la piste principale est touchée ainsi que des infrastructures situées au sud-est. L’aérodrome rouvre après travaux le 24 octobre.
Pour tromper les bombardiers alliés, un faux terrain d’aviation est aménagé à 1 km au nord-ouest de Plouigneau (la piste principale alignée nord-est/sud-ouest est visible sur la vue aérienne de 1952).
Les pistes, l’aérogare et des hangars de la base aérienne de Morlaix sont minées et sabotés par les allemands le 14 juin 1944 comme le montrent les vues aériennes (cratères réguliers sur la piste principale).
Fin 1945, l'Armée de l'Air décide d’abandonner la base aérienne.
En mai 1946, la direction des bases aériennes qui a pour mission la reconstruction et l'entretien des aérodromes émet également un avis négatif à la conservation de la base.
La piste de dégagement ouest devient la départementale n° 46.
En juillet 1947, de nouvelles limites de l’aéroport - dont la superficie est réduite à 83 ha - sont fixées par le ministère des Travaux publics et des Transports. Les terrains agricoles constituant l'extension de l'aérodrome ex allemand sont acquis en 1952 par l'État avec l'aide des collectivités locales, puis mis à la disposition de la Chambre de commerce de Morlaix qui en devient gestionnaire en 1966.
Profitant de la présence de pistes de dispersion, des habitations sont construites en lieu et place des hangars.
En 1959, la commune de Ploujean est rattachée à la commune de Morlaix et l’aéroport prend le nom de Morlaix-Ploujean.
Depuis 2007, l’aéroport est propriété de Morlaix Communauté, qui en a délégué la gestion à la Chambre de commerce et d’industrie de Morlaix. Une zone d’activité économique baptisée "Kergariou" a été créée au-sud est de la poste d’envol.
