Dès le 13e siècle existe à Tréguier un hôtel-dieu que fréquente saint Yves (1253-1303). Il était desservi par une petite communauté religieuse dont il subsiste les bâtiments du 15e siècle disposés autour d'une courette formant le noyau ancien du couvent : la "salle des passants" surmontée de la salle des malades qui communiquait directement avec la chapelle Sainte-Marie-Madeleine construite perpendiculairement ; le bâtiment de l'infirmerie également adossé à la chapelle.
En 1654, l'Hôtel-Dieu de Tréguier est en très mauvais état. Grâce à l'intervention de Pierre de Loz, seigneur de Kergoanton, et de sa femme Françoise de Kergroadez, appuyés par l'évêché de Tréguier en la personne de Monseigneur Grangier, la communauté de ville admet la fondation d'un nouvel établissement et fait appel à des Augustines Hospitalières de Quimper. Les religieuses commencent par restaurer la chapelle Sainte-Marie-Madeleine en 1655 comme en témoigne la plaque de fondation placée dans le choeur. La salle des malades est reconvertie en choeur des soeurs, en communication directe avec la chapelle Sainte-Marie-Magdeleine. En réponse à ce nouvel aménagement, la circulation à l'intérieur de la chapelle est modifiée : la clôture d'origine qui séparait la nef du choeur est supprimée, un maître-autel et son retable monumental viennent occuper l'angle formé par la nef et le choeur des soeurs. Entre 1662 et 1663, les travaux se poursuivent par l'édification d'un grand corps de logis comprenant une allée de cloître, un réfectoire, un double dortoir, une salle de communauté, un noviciat. De 1666 à 1669, un nouvel hôpital est construit dans le prolongement de la chapelle, avec une salle des hommes (1672) et une salle des femmes (1695). Ces bâtiments sont démolis fin 1852 pour élever à la place un nouvel hôpital terminé en 1856, converti aujourd'hui en résidence.
Dans l'enclos du couvent, la chapelle du jardin, édifiée en 1664, est reconstruite entre 1814 et 1817 (voir dossier correspondant).
En 1823, commence la construction d'une aile perpendiculaire au corps de logis pour loger un pensionnat, les soeurs étendant leur action à l'éducation des filles démunies.
En 1896, la maison Saint-Yves, destinée au repos des prêtres, est construite dans le prolongement de l'hôpital du 19e siècle.
En 1935, une galerie de jonction entre le cloître et l'hôpital est ajoutée car, contrairement à l'ancien bâtiment du 17e siècle, le nouvel hôpital de 1856 n'est pas de plein pied avec la chapelle mais décalé vers l'ouest (cf. plan cadastral de 1834).
Les religieuses quittent le monastère en 1996, la propriété appartient désormais à l'association Diocésaine. L'ensemble a fait l'objet d'une protection au titre des monuments historiques : l'aile de 1823, les façades et toitures des bâtiments reliant le parloir à l'aile du 17e siècle et ceux y donnent accès à partir de la rue Gambetta sont inscrits Monuments historiques en 1997 ; la chapelle de la Madeleine, le choeur des religieuses, l'aile du 17e siècle et la chapelle du cimetière sont classés MH en 1999.
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