Au Moyen Age, les morts étaient enterrés à l'intérieur de l'église Saint-Brandan selon à un protocole bien établi : les nobles suivant le "droit de sépulture", les ecclésiastiques et les notables grâce à leurs dons se réservaient les places au plus près du cœur et du maître-autel. Lorsque la place vint à manquer à l'intérieur de l'église, on eut recours à un édifice spécifique destiné au dépôt des ossements : c'est l'ossuaire. L'ossuaire peut également être adossé à l'église elle-même comme à Plufur : il s'agit alors d'un "ossuaire d'attache".
Au cours du 17e siècle, le placître de l'église s'est progressivement transformé en cimetière. Les reliques des défunts étaient régulièrement prélevées du cimetière pour être déposé dans l'ossuaire. Cette pratique permettait d'inhumer de nouveaux défunts dans l'église ou dans le cimetière. L’ossuaire rappelle aux fidèles leur destinée mortelle.
L'ossuaire de Lanvellec est vraisemblablement datable de la seconde moitié du 15e siècle. Il peut être considéré comme l'un des plus anciens de Bretagne avec celui de Plouzélambre. Il est classé au titre des Monuments historiques depuis 1924.