A l’image des moulins à vent de Pen Bil et Lezurec, le moulin à eau de Pen Bil dépendait du manoir de Lezurec en Primelin situé à environ 600m vers le sud-ouest. Les dates portées sur les bâtiments et les inscriptions qui les accompagnent permettent de signaler plusieurs époques d’occupations du lieu et différents meuniers. Ainsi, on apprend que le moulin existait très certainement dès la fin du 17e siècle (date de 1692 portée sur l’aile nord), qu’il a appartenu en 1772 à IAN GALES (inscriptions sur la porte nord du logis) puis à Gourgon POUCHOUX et Catherine BRUN en 1792 (porte d’entrée du logis) et enfin à Sébastien MOULINEC et Marie Anne PERCHEC en 1821 dont les noms ornent le linteau de la porte nord de la dépendance ouest.
Le cadastre de 1837 montre qu’à cette date, le moulin appartenait à Guillaume PIRIOU et que l’unique roue horizontale se situait dans l’aile nord de l’ensemble. On constate par ailleurs qu’hormis la disparition du four à l’ouest de l’alignement principal et la création d’un puits à quelques mètres à l’est (date portée 1864) l’organisation actuelle des bâtiments correspond à celle signalée sur plan cadastral de l’époque.
Le moulin a cessé de fonctionner dans les années 1950 puis semble avoir été abandonné ensuite, comme le montrent les photographies de l’enquête de 1978. Dans les années 1980, il a été restauré et est devenu une maison d’habitation.